O projeto do Transporte Aquaviário tem por objeto a modelagem para a concessão voltada à implantação, adequação, manutenção e operação do sistema de transporte intermunicipal de passageiros, bicicletas e veículos, por meio de embarcações (barcas e balsas), entre os municípios da foz do rio Itajaí. As diretrizes do projeto preveem a estruturação dos terminais de embarque e desembarque, além de estabelecer parâmetros operacionais de eficiência logística e estímulo ao uso de fontes de energia alternativas na frota.